橋本脳症の治療としては経験的にステロイド治療が行われることが多く、急性脳症型の発症早期では反応性が良好ですが、慢性・亜急性に精神症状を繰り返す症例では、反応性はあっても障害が残存したり、効果発現までに時間を要することがよくあります。
また再燃も多いため免疫抑制剤の併用が推奨されており、ステロイドが無効であった症例に免疫グロブリン大量療法・血漿交換が有効であったという報告もあるようです。
ステロイド
メチルプレドニゾロンパルス療法、引き続きプレドニゾロン経口投与（1mg/kg/日より開始し、治療効果を見ながら徐々に投与量を減らす）
その他
免疫グロブリン大量投与、血漿交換、エンドキサン、アザチオプリンなどが候補として考えられます。
